Når husdyrgødning, restprodukter fra fødevareindustrien, servicesektoren og husholdninger eller andre typer organisk materiale - for eksempel kløvergræs fra økologiske marker - tilføres til et biogasanlæg, omdannes en del af biomassen til biogas. Biogassen kan fortrænge naturgas og andre fossile energikilder.

Den afgassede biomasse anvendes som gødning og jordforbedringsmiddel på markerne. Den afgassede biomasse indeholder alle de næringsstoffer, der blev tilført biogasanlægget med det organiske materiale. Dermed er biogasanlæg effektive til at sikre recirkulering og genanvendelse af næringsstofferne og dermed sikre grundlaget for den fremtidige fødevareforsyning. Det gælder ikke mindst fosfor, hvor verdens lagre af fosfor kun kan dække behovet i jordbruget de kommende 60-80 år.  

I biogasanlægget nedbrydes kun ca. halvdelen af det organiske kulstof. Dermed recirkuleres der også kulstof til jorden med den afgassede biomasse til gavn for jordens fremtidige frugtbarhed. Og undersøgelser viser, at afgasning af halm i biogasanlæg giver stort set den samme langsigtede kulstoflagring i jorden som direkte nedmuldning.

Den afgassede biomasse er et bedre gødningsprodukt end den rå gylle. Det skyldes blandt andet, at der i biogasanlægget sker en mineralisering af kvælstoffet, så det lettere optages af afgrøderne. Det er derfor et bedre gødningsprodukt, og jo mere af kvælstoffet planter optager, jo mindre er der tilbage i jorden, hvorved risikoen for udvaskning af kvælstof mindskes. Ved at tilføre husdyrgødning fra både kvæg og svin til til biogasfællesanlæg opnås samtidig, at forholdet mellem næringsstofferne bedre passer til afgrødernes behov.

Endelig nedbrydes en del af lugtstofferne i husdyrgødningen, når den afgasses. Da den afgassede biomasse samtidig trænger hurtigere ned i jorden, reduceres lugtgenerne markant i forhold til udbringning af  ubehandlet husdyrgødning.

Når affald og restprodukter fra husholdninger og industri udnyttes i biogasanlæg, udnyttes energiindholdet på samme måde, som når affald forbrændes i affaldsforbrændingsanlæg. Når affald afgasses i biogasanlæg, opnås derudover en recirkulering og dermed genanvendelse og udnyttelse af de næringsstoffer, der er i affaldet. Dette er vigtigt, da visse næringsstoffer kun findes i meget begrænsede mængder.

Biogasproduktionen har været kraftigt stigende de senere år da Folketinget via energiaftaler har ønsket at fremme biogasproduktionen som led i både at omstille energisystemet til at være mindre fossil afhængigt og fordi biogasanlæg bidrager til recirkulering og nyttiggørelse af næringsstoffer fra affald, til at mindske miljø- og klimapåvirkningen fra fødevareproduktionen og kan være et redskab til at fremme omlægning til økologisk jordbrug.

I 2016 var biogasproduktionen på over 8 PJ svarende til ca. 10 pct. af det danske naturgasforbrug.